Το Παράκτιο Έλος Βουρκαρίου Μεγάρων βρίσκεται μεταξύ Ν. Περάμου και Πάχης, στον Δήμο Μεγαρέων (Διοικητική Διαίρεση Καλλικράτη). Περικλείει το παράκτιο έλος το οποίο έχει επιφάνεια 1782 στρ. και τα ρηχά νερά του θαλάσσιου όρμου (381 στρ.) (Χαρτογράφηση ΕΚΒΥ, 2017). Προς τη χέρσο, η πολύ μικρή υψομετρική διαφορά με τη θάλασσα δημιουργεί ιδανικές συνθήκες σχηματισμού του παράκτιου έλους. Τροφοδοτείται κατά κύριο λόγο από τις βροχοπτώσεις και λιγότερο από τον προσχωματικό υδροφόρο ορίζοντα. Εξαιρουμένης της έκτασης η οποία βρίσκεται υπό ιδιαίτερες συνθήκες διαχείρισης εντός του πολεμικού και πολιτικού αεροδρομίου (89,18 ha), η υγροτοπική βλάστηση είναι κυρίαρχη μόλις στα 15,85 ha, ενώ στα 58,91 ha παρατηρείται έντονη υποβάθμιση, λόγω κατακερματισμού του υγροτοπικού οικοσυστήματος από οδικό δίκτυο και κατοικίες. Περίπου 8 ha (εντός της Α1 ζώνης του ΠΔ) παρουσιάζουν πολύ μικρή έως καθόλου φυσικότητα στη σύνθεση βλάστησης και έντονη τροποποίηση υδρολογικών συνθηκών, λόγω επιχωματώσεων και αλλαγής χρήσης γης (π.χ. αποθήκες, δενδροκαλλιέργειες). Η περιοχή έχει υψηλή βιολογική αξία, καθώς το εύρος των φυσικοχημικών και υδρομορφολογικών συνθηκών του οικοσυστήματος δημιουργούν ένα μωσαϊκό από διαφορετικά ενδιαιτήματα. Πολλά είδη πτηνών, χρησιμοποιούν τον υγρότοπο καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους ή ως μεταναστευτικό σταθμό και τόπο διαχείμασης. Ο υγρότοπος, σε συνδυασμό με τα πολιτιστικά και ιστορικά στοιχεία της περιοχής, έχει υψηλή αναψυχική αξία και παρέχει πολλές δυνατότητες για εκπαιδευτικές και ερευνητικές δράσεις. Έχει επίσης μεγάλη αξία για τον μετριασμό φαινομένων πλημμύρας και διάβρωσης. Ωστόσο, μία σειρά από ανθρωπογενείς παρεμβάσεις έχουν συντελέσει στην υποβάθμισή του. Σήμερα, ο υγρότοπος Βουρκαρίου έχει περιοριστεί από την ακτή προς τη χέρσο, έως το ύψος της κεντρικής παράκτιας οδού, ενώ τα θαλάσσια ύδατα του όρμου δέχονται ρυπαντικές πιέσεις, παρουσιάζοντας μέτρια οικολογική κατάσταση. Ο υγρότοπος Βουρκαρίου έχει χαρακτηριστεί ως Περιφερειακό Πάρκο με Προεδρικό Διάταγμα (ΦΕΚ 72/Α.Α.Π./31-03-2017) το οποίο καθορίζει ζώνες προστασίας, χρήσεων γης, όρους δόμησης, καθώς και μέτρα προστασίας και διαχείρισης του υγροτόπου. Με την ΑΔΑ: 60ΑΡΟΡ1Κ-ΥΑ6 - ΔΑΣΙΚΗ ΑΠΑΓΟΡΕΥΤΙΚΗ ΔΙΑΤΑΞΗ ΘΗΡΑΣ ΣΤΗ ΘΕΣΗ ΒΟΥΡΚΑΡΙ ΜΕΓΑΡΩΝ (https://diavgeia.gov.gr/decision/view/60%CE%91%CE%A1%CE%9F%CE%A11%CE%9A-%CE%A5%CE%916), αποφασίστηκε η απαγόρευση , επ’ αόριστο, της άσκησης Θήρας (η περιοχή απαγόρευσης ορίζεται Βόρεια: Κεντρικός δρόμος που συνδέει ΠΕΟΑΚ με πορθμειακή γραμμή, Ανατολικά: Όρμος Βουρκαρίου. Νότια: Ακτογραμμή-θάλασσα, Δυτικά: Κεντρικός δρόμος που συνδέει την Αγ.Τριάδα με Λάκκα Καλογήρου και τμήμα (ΝΔ) με λόφο Πάχης). Επισημαίνεται ότι η απαγόρευση θα περιλαμβάνει, πέρα από τη θήρα και κάθε άλλου είδους έργο ή δραστηριότητα π.χ. (βοσκή, εκχέρσωση, υλοτομία ή αποκλάδωση δένδρων ή συστάδων, εκπαίδευση σκύλων κλπ.) που μπορεί να διαταράξει την οικολογική ισορροπία της προστατευόμενης περιοχής. Επιπλέον, βάσει του νέου ΡΣΑ (Φ.Ε.Κ. 156/Α/1-8-2014) εντάσσεται στο ειδικό πρόγραμμα, ως Α' Προτεραιότητας, για οριοθέτηση, εκπόνηση μελετών, χρηματοδότηση δράσεων και έργων προστασίας, αποκατάστασης, ανάδειξης και διαχείρισης.